Serene Bach のモジュールファイル群とかプラグインファイル群を読めば読むほど, Serene Bach は 「valid な XHTML 文書を書き出す事を想定していない」 という仕様で実装されているとしか思えない. 管理ページだって DOCTYPE 宣言では XHTML 1.1 を謳っておきながら 未定義の target 属性を使ってるし, テンプレートの文書タイプが何であろうが 記事作成支援の一環として target 属性の値の入力を勧めるダイアログボックスが出たりするし.
モジュールとかに手を加えることなく 生成される記事が valid な文書であるようにしたいんなら, テンプレートを HTML 4.01 Strict/Transitional 準拠で作るのが最も手っ取り早いかもしれない. プラグイン (特に JavaScript を使うもの) の仕様によっては XHTML 1.0 Transitional 準拠も通じるかもしれない. 「いや 何が何でも valid な XHTML 文書を生成したいんだ」 っつーなら, Serene Bach を大改造するか 他の Weblog ツールに乗り換えることになるんだろう.
細部まで検証したわけじゃないんで, 以上の話はあくまでも推測ね 推測.